धनखड़ ने कहा कि लोकतंत्र तब फलता-फूलता है, जब उसके तीन पहलू - विधायिका, न्यायपालिका और कार्यपालिका - अपने संबंधित डोमेन का ईमानदारी से पालन करते हैं, उन्होंने कहा कि शक्तियों के पृथक्करण के सिद्धांत का सम्मान किया जाना चाहिए। उन्होंने कहा कि एक संस्था द्वारा, दूसरे के क्षेत्र में किसी भी तरह की घुसपैठ, शासन को परेशान करने की क्षमता रखती है।
एनजेएसी के गठन के लिए आवश्यक 99वें संवैधानिक संशोधन विधेयक का उल्लेख करते हुए, उन्होंने कहा कि इस पर ऐतिहासिक संसदीय जनादेश को 16 अक्टूबर, 2015 को सर्वोच्च न्यायालय द्वारा 4:1 के बहुमत से रद्द कर दिया गया था। संविधान की मूल संरचना के न्यायिक रूप से विकसित सिद्धांत के अनुरूप नहीं है। न्यायाधीशों की नियुक्ति को लेकर सरकार और न्यायपालिका के बीच हालिया गतिरोध की पृष्ठभूमि में भी धनखड़ की टिप्पणी आई है।