पश्चिम बंगाल में भाजपा का आंतरिक कलह एक ऐसा मुद्दा रहा है जिसने पार्टी की एकता और समन्वय को बाधित किया है। पार्टी के भीतर विभिन्न गुटों के परस्पर विरोधी हित और महत्वाकांक्षाएं हैं, जिसके कारण पंचायत चुनावों के लिए एक सुसंगत रणनीति की कमी है। अंतर्कलह, सत्ता संघर्ष और विचारधाराओं में मतभेदों ने पार्टी को एक संयुक्त मोर्चा पेश करने और अपने संसाधनों को प्रभावी ढंग से जुटाने से रोका है।
भाजपा के वर्तमान प्रदेश अध्यक्ष डॉ. शुकांतो मजूमदार टीएमसी का मुकाबला करने के लिए जमीनी स्तर के पार्टी कार्यकर्ताओं को लामबंद करने में असमर्थ हैं। हालांकि उन्होंने सिबपुर और रिशरा हिंसा के बाद ममता सरकार के खिलाफ विरोध प्रदर्शन का नेतृत्व किया है। लेकिन स्थानीय नेताओं और पार्टी विधायक से तालमेल खोता नजर आ रहा है।