1995 ഏപ്രിലിലാണ് സിബിഐ കൊലക്കേസിൽ ഡമ്മി പരീക്ഷണം നടത്തുന്നത്. ഇതോടെയാണ് അഭയയുടെ ദുരൂഹ മരണം കൊലപാതകം തന്നെയാണെന്നു സിബിഐ ഉറപ്പിക്കുന്നത്. തെളിവുകൾ നശിപ്പിച്ചതിനാൽ പ്രതികളെ കണ്ടെത്താൻ സാധിച്ചിട്ടില്ലെന്നായിരുന്നു സിബിഐയുടെ അന്വേഷണ റിപ്പോർട്ട്.ലോക്ക് പോലീസും ക്രൈം ബ്രാഞ്ചും മാറി മാറി അന്വേഷിച്ച കേസ് 1993 മാർച്ച് 29 നാണ് സിബിഐയ്ക്കു വിട്ടത്. മരണം കൊലപാതകമാണെന്ന് 1995 വരെ സിബിഐ കണ്ടെത്തിയിരുന്നില്ല. 97 ലും , 2000 ത്തിലും, 2006 ലും സിജെഎം കോടതിയിൽ കേസ് അവസാനിപ്പിക്കുന്നതിനായി സിബിഐ റിപ്പോർട്ട് സമർപ്പിച്ചു. എന്നാൽ മൂന്നു തവണയും കേസ് പുനരന്വേഷിക്കുന്നതിനായിരുന്നു കോടതിയുടെ ഉത്തരവ്. തുടർന്നു നടത്തിയ അന്വേഷണത്തിലാണ് ഫാ. തോമസ് എം കോട്ടൂർ, ഫാ. ജോസ് പുത്തൃക്കയിൽ, സിസ്റ്റർ സ്റ്റെഫി എന്നിവരെ പ്രതികളാക്കി സിബിഐ കേസ് രജിസ്റ്റർ ചെയ്തത്.
തുടർന്നു ഇവരുടെ അറസ്റ്റ് 2008 നവംബർ 18 നു രേഖപ്പെടുത്തി.കേസിലെ നാലും അഞ്ചും പ്രതികളായിരുന്ന എഎസ്ഐ വി വി അഗസ്റ്റിൻ, മുൻ ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് ഉദ്യോഗസ്ഥൻ കെ സാമുവേൽ എന്നിവർ അറസ്റ്റിലാകും മുൻപ് തന്നെ മരിച്ചിരുന്നു. അഗസ്റ്റിൻ കുറിച്ചിയിലെ ആളൊഴിഞ്ഞ സ്ഥലത്തു വെച്ച് ആത്മഹത്യ ചെയ്യുകയായിരുന്നു. അഗസ്റ്റിന്റെ ബന്ധുക്കളുടെ പരാതിയിൽ സിബിഐക്കെതിരെ പോലീസ് കേസെടുത്തിട്ടുണ്ട്.
അഭയയെ കൊലപ്പെടുത്തിയത് വൈദികരുടെ അവിഹിത ബന്ധം കണ്ടെത്തിയതിനെ തുടർന്നാണെന്നാണ് റിപ്പോർട്ട്.കന്യാസ്ത്രീയും വൈദികരും തമ്മിലുള്ള അവിഹിതം കണ്ടതിനെ തുടർന്നു അഭയയെ കൊലപ്പെടുത്തി കിണറ്റിൽ തള്ളിയതായാണ് സിബിഐ കുറ്റപത്രം. 2009 ജൂലായ് 17 നാണ് കേസിൽ കുറ്റപത്രം സമർപ്പിച്ചത്. 49 സാക്ഷികളുള്ള കേസിൽ സഭയുമായി ബന്ധമുള്ള പത്തു സാക്ഷികൾ ഇതുവരെ കൂറുമാറി.